Ἡ Βαβυλώνα, ἡ πιὸ πλούσια περιοχὴ τοῦ περσικοῦ βασιλείου, βρισκόταν τώρα στὰ χέρια τοῦ Ἀλέξανδρου. Γιὰ τὸν λαὸ τῆς Βαβυλώνας ἡ ἔλευση τῶν Μακεδόνων τερμάτιζε 200 χρόνια περσικῆς κατοχῆς. Πολιτικὸς διοικητὴς ὁρίστηκε ὁ Μαζαῖος, ἀνώτατος ἀξιωματικὸς, ὁ ὁποῖος εἶχε πολεμήσει ἐναντίον τοῦ Ἀλέξανδρου στὰ Γαυγάμηλα. Ἡ κίνηση αὐτὴ ἐξέπληξε τούς Μακεδόνες. Γιὰ τὸν Ἀλέξανδρο ὅμως ἦταν μιὰ ἀκόμη πράξη νὰ τιμᾶ αὐτούς ποὺ ἔρχονταν μὲ τὴ θέλησή τους στὶς ὑπηρεσίες του, ὅπως εἶχε συμβεῖ καὶ μὲ τὸν Ἀβουλίτη, ποὺ εἶχε παραδώσει τὰ Σοῦσα, καὶ μὲ τὸν Μιθρήνη, ποὺ εἶχε παραδώσει τὶς Σάρδεις.
Ἀφοῦ τὸ στράτευμα ξεκουράστηκε στὴ Βαβυλώνα γιὰ ἕνα μῆνα, ὁδηγήθηκε ἀπὸ τὸν Ἀλέξανδρο στὰ Σοῦσα, ὅπου συναντήθηκε μὲ τὴ δύναμη τοῦ Ἀμύντα.
Στὸν ἑλλαδικὸ χῶρο οἱ ἐξεγέρσεις στὴν Πελοπόννησο καὶ τὴ Θράκη προκάλεσαν ὁρισμένες ἀνησυχίες, ἐπειδὴ ὁ στρατὸς δὲν μποροῦσε νὰ μετακινηθεῖ εὔκολα, ἀφοῦ χρειαζόταν τρεῖς μῆνες, γιὰ νὰ φτάσει ἀπὸ τὰ Σοῦσα στὴ Μακεδονία. Ὁ Ἀλέξανδρος ἀρκέστηκε στὴν ἀποστολὴ χρημάτων στὸν Ἀντίπατρο, γιὰ νὰ συντηρεῖ τὸν στρατὸ καὶ νὰ καταστέλλει τὶς ἐξεγέρσεις. Τώρα ὁ Ἀλέξανδρος θὰ βάδιζε πρὸς τὴν Περσέπολη. Ὁ δρόμος πρὸς αὐτή περνοῦσε μέσα ἀπὸ πόλεις τῆς Περσίας καὶ ἕνα στενὸ δέκα χιλιομέτρων, τὸ ὁποῖο φυλασσόταν ἀπὸ μιὰ πολὺ ἰσχυρὴ στρατιωτικὴ δύναμη. Ὁ Ἀλέξανδρος ὅμως ὁδήγησε τὸν στρατό του πίσω ἀπὸ τὶς ἐχθρικὲς γραμμὲς καὶ αἰφνιδιασμένοι οἱ Πέρσες δὲν μπόρεσαν νὰ ἀντιδράσουν. Ἡ Περσέπολη καταλήφτηκε καὶ οἱ θησαυροὶ τῆς πρωτεύουσας τοῦ βασιλιᾶ Δαρείου καὶ τοῦ Ξέρξη βρίσκονταν τώρα στὰ χέρια τῶν Μακεδόνων. Ἦταν Ἰανουάριος τοῦ 330 καὶ ὁ Ἀλέξανδρος ἀποφάσισε νὰ κάψει τὸ ἀνάκτορο, ὡς ἐκδίκηση στὶς πράξεις τῶν Περσῶν ἐνάντια στοὺς Ἕλληνες θεούς, ὅπως ἀναφέρει ὁ Στράβωνας καὶ ὁ Ἀρριανός.
Ἀφοῦ ξεκουράστηκαν λίγους μῆνες, τὸν Μάρτιο τοῦ ἴδιου ἔτους οἱ Μακεδόνες κατέλαβαν τὴ γῆ τῶν Μάρδων, ἐνῷ ὁ Ἀλέξανδρος συνέχισε τὴν τακτικὴ τοῦ διορισμοῦ Περσῶν στὶς κατακτημένες περιοχές.
Ὅμοια πολιτικὴ σεβασμοῦ καὶ ὄχι λεηλασίας τῶν κατακτημένων λαῶν εἶχε νὰ ἐπιδείξει μόνο ὁ Φίλιππος, ὁ πατέρας τοῦ Ἀλέξανδρου. Ἦταν ἀκόμη μιὰ πράξη ποὺ τὸν ἀναδείκνυε ἀκόμη πιὸ ἰδιαίτερο, ἀκόμη πιὸ μοναδικό.
Ὁ Δαρεῖος ἔμεινε στὴ χώρα τῶν Μήδων γιὰ ἑπτὰ ὁλόκληρους μῆνες χωρὶς ἐνόχληση ἀπὸ τὸν Ἀλέξανδρο. Ὁ Μακεδόνας βασιλιὰς προχώρησε πρὸς τὰ Ἐκβάτανα, τὴν τελευταία ἀπὸ τὶς τρεῖς περσικὲς πρωτεύουσες, στὴν ὁποία, ἀφοῦ τὴν κατέλαβε, κή- ρυξε τὸ τέλος τοῦ πολέμου τῶν Ἑλλήνων ἐναντίον τῶν Περσῶν. Ἦταν μιὰ σημαντικὴ ἡμέρα γιὰ τοὺς Ἕλληνες, γιατί, ὅταν ξεκινοῦσαν τὸν πόλεμο ἐναντίον τῶν Περσῶν, κανείς τους δὲν περίμενε ὅτι σὲ τόσο μικρὸ χρονικὸ διάστημα θὰ ἦταν οἱ ὁλοκληρωτικοὶ νικητές. Ὁ Ἀλέξανδρος ἦταν ὁ πρωταγωνιστικὸς παράγοντας στὴν τελικὴ νίκη.
Ὅσοι εἶχαν συνεκστρατεύσει μὲ τὸν Ἀλέξανδρο ἀποχώρησαν παίρνοντας μαζί τους δῶρα ἀπὸ τὸν ἴδιο τὸν βασιλιά. Ὁ Ἀλέξανδρος, μὲ κέντρο τὰ Ἐκβάτανα, προχώρησε πρὸς τὶς πύλες τῆς Κασπίας, προσδοκώντας νὰ συλλάβει τὸν Δαρεῖο. Ξεκουράστηκε γιὰ λίγο στὶς Ράγες (κοντά στὴ σημερινή Τεχεράνη) καὶ ἀφοῦ πέρασε τὶς πύλες, σταμάτησε στὴ Χοαρηνή. Ἐκεῖ πληροφορήθηκε ὅτι ὁ Δαρεῖος συνελήφθη ἀπὸ τρεῖς Πέρσες εὐγενεῖς, οἱ ὁποῖοι βλέποντας ὅτι θὰ πέσουν ὅλοι στὰ χέρια τοῦ Ἀλέξανδρου σκότωσαν τὸν Δαρεῖο καὶ διέφυγαν.
Τὸν Ἰούλιο τοῦ 330 ὁ Ἀλέξανδρος βρῆκε νεκρὸ τὸν Δαρεῖο. Μπροστά του ἀνοιγόταν μιὰ νέα πρόκληση. Εἶχε ἐπικρατήσει στὴν Ἀσία καὶ τὴν ἴδια στιγμὴ στὸν ἑλλαδικὸ χῶρο οἱ ἐξεγέρσεις εἶχαν σβήσει. Κανεὶς δὲν θὰ μποροῦσε νὰ τοῦ ἀντισταθεῖ.
Οἱ στρατιωτικὲς δυνάμεις χωρίστηκαν στὰ τρία, ὑποτάσσοντας τοὺς Μάρδους, τοὺς Ζαπούριους καθὼς καὶ ἄλλους λαούς.